『ブラック・ラグーン』第1集では、元旭日重工の社員・岡島緑郎が、裏社会の運び屋「ブラック・ラグーン」に人質として捕まるところから物語が始まります。旭日重工は密貿易を行っており、緑郎を消そうと攻撃を仕掛けます。緑郎は自分を見捨てた会社に愛想を尽かし、ブラック・ラグーンのメンバー・ロックとして新たな危険な生活に飛び込むことになります。物語は、彼のハードボイルドな転身を描くアクション・コミックです。