『ブラック・ラグーン』第1集では、元旭日重工の社員・岡島緑郎が、裏社会の運び屋「ブラック・ラグーン」に人質として捕まるところから物語が始まります。旭日重工は密貿易を行っており、緑郎を消そうと攻撃を仕掛けます。緑郎は自分を見捨てた会社に愛想を尽かし、ブラック・ラグーンのメンバー・ロックとして新たな危険な生活に飛び込むことになります。物語は、彼のハードボイルドな転身を描くアクション・コミックです。

この作品は、武器商人ココ・ヘクマティアルと少年兵ヨナの物語です。ヨナは両親を殺した武器を憎みながらも、ココの私設軍隊に加わります。ココは世界平和のために武器を売ると主張しており、彼らは武器取引を阻止しようとする勢力に狙われます。ヨナは、憎む武器を使ってその危機を乗り越えようと奮闘します。物語は、武器の矛盾と戦争の現実を描きながら、二人の旅を描写しています。